Klasztor został zbudowany w latach 1601–04 przez Jana de Simoni. Zabudowania klarysek stanowiły najmocniejszy punkt obrony. Do dzisiaj zachowała się jedna baszta. Klasztorny młyn był niegdyś napędzany strumykiem, który podobno powstał dzięki cudowi św. Kingi. Klasztorna wieża umieszczona jest przed bramą, którą wchodzimy na dziedziniec. Do kompleksu klasztornego należą także budynki dwóch szkół dla dziewcząt.

Na lokalizację klasztoru wybrano stromą skarpę nad dawnym korytem rzeki Poprad. Początkowo były to pojedyncze domki drewniane, w których przebywały zakonnice. Powodowało to narażenie klasztoru na pożary i zniszczenia wojenne (napady Tatarów). W 1601 roku bkp. Bernard Maciejowski wydał polecenie wzniesienia klasztoru murowanego. Realizację zadania powierzono muratorowi krakowskiemu Janowi di Simoni. Klasztor był wielokrotnie przebudowywany. Pomieszczenia klasztorne składają się z czterech skrzydeł z krużgankami wokół wirydarza.

Stojąc na dziedzińcu klasztornym, obok zabytkowej lipy, o której legenda mówi, że zasadziła ją sama Kinga, widzimy furtę klasztorną. Fasadę furty wieńczy trójkątny szczyt z wnękami, w których umieszczono sgraffitowe postacie Chrystusa Salwatora, błog. Salomei, św. Klary, św. Kingi i św. Franciszka. Po otwarciu drzwi wejściowych widzimy właściwą furtę, a poprzez kratę możemy porozmawiać z siostrą furtianką.

Na dziedziniec wchodzi się bramą z wieżą wjazdową. Wieża bramna w obecnym kształcie pochodzi z XVIII wieku, zbudowana jest na podwalinach wieży średniowiecznej. Czterokondygnacyjna wieża zwieńczona jest cebulastym hełmem z wysoką iglicą, posiada okazały portal kamienny, zaś sklepienie pokryte jest sztukaterią. Do wieży przylega dom kapelana wzniesiony w 1605 roku, również przez Jana di Simoni. Od strony dziedzińca widać dekoracyjny balkon.

W dobrym stanie zachowały się fortyfikacje obronne wokół klasztoru. Prawdopodobnie od średniowiecza po wiek XVII uległy one pewnym przesunięciom. Mury i baszta obronna, które obecnie podziwiamy, to właśnie wiek XVII, w którym to na polecenie kardynała Jerzego Radziwiłła mury wzmocniono i nadbudowano.

W murach widać strzelnice. Dostępne były strażom z ganku od strony wewnętrznej. Jedyna zachowana baszta ma kształt cylindryczny i cztery kondygnacje z hełmem cylindrycznym, kryty dachówką. Na zewnętrznej ścianie murów piękny rysunek sgraffitowy. Na fortyfikację warto spojrzeć nie tylko od strony okalającej je ulicy, ale także z poziomu boiska sportowego na tzw. Podmajerzu.